Одељење за одрасле
Позајмно одељење за рад са одраслим корисницима највеће је одељење Библиотеке. Приступ овом фонду је слободан и богати књижни фонд чини, највећим делом, домаћа и страна књижевност, али значајно место има и стручна књига која се може позајмљивати. Фонд је размештен по УДК систему и омогућује лако сналажење корисника. У склопу овог Одељења је и изложбени простор који се користи за организовање изложби поводом значајних књижевних јубилеја и годишњица рођења књижевника.
Одељење за стручну литературу и референсну збирку
На Одељењу стручне књиге корисници могу позајмити публикације из области: филозофије, психологије, религије, друштвених наука, математике односно природних наука до медицине, технике, уметности, спорта, лингвистике, географије и историје. Ово одељење налази се у склопу Одељења за одрасле и има има своју читаоницу.
Одељење обраде и набавке књига
Библиотека у свом саставу има одељење за обраду и набавку књига које током целе године врши организовану набавку на нивоу целе Установе. Након набавке, свака књига мора да прође обраду, односно да буде инвентарисана и унета у електронску базу података.
Дечје одељење
Дечије одељење својим радом обухвата децу предшколског узраста и ученике основних школа. Нове просторије Дечијег одељења, отворене су 1996. године, у оквиру прославе 150 година од оснивања Неготинског читалишта. Савремено је опремљено, тако да је потпуно прилагођено потребама најмлађих читалаца. Структура књижног фонда одговара корисницима, њиховим потребама и интересовањима и чине га сликовнице, школска лектира, белетристика за децу и стручна литература.
Завичајно одељење
Завичајно одељење, као посебна целина, формирано је 2002. године, мада је завичајна грађа прикупљана и чувана много раније. Обухвата листове и часописе везане за Неготин и околину, по тематском, ауторском или издавачком критеријуму; као и некњижну грађу (збирке плаката, фотографије, разгледнице, каталози изложби, музикалије, позивнице, прес клипинг итд). Посебно место у Завичајном одељењу припада знаменитим Неготинцима: Стевану Стојановићу Мокрањцу, Ђорђу Станојевићу, Хајдук Вељку Петровићу… Овај фонд, због широког спектра области које обухвата, представља драгоцен извор информација о Неготину и Крајини. У Завичајном одељењу су и три библиотеке целине: библиотека целина Крунослава Спасића, библиотека целина Вукашина Станисављевића и библиотека целина Милана Видановића.
Одељење периодике
Одељење периодике смештено је у новој згради, на Тргу Ђорђа Станојевића. Простор је адекватан за наведену намену. Фонд периодике, серијских публикација, поседује преко 150 наслова и преко 4.000 бројева. Највише су заступљени часописи за књижевност и културу. На одељењу периодике смештена је и уредништво часописа за књижевност, уметност, културу и библиотекарство, Библиопис, чији је издавач неготинска библиотека.
Одељење издаваштва
Неготинска библиотека, почев од 1996. године, бави се и издаваштвом. До сада је објавила преко 30 наслова, превасходно књижевног жанра, мада су значајне и књиге из историје Неготинске Крајине и других области. На овом одељењу примају се рукописи и место је окупљања писаца. Поред објављивања, овде се врше и рецензије, препоруке за објављивање и успостављају контакти са другим издавачима и ауторима. Библиотека издаје свој часопис за књижевност, уметност, културу и библиотекарство, „Библиопис”.